Het eerste gebied in Kroatië dat om zijn rijke fauna een beschermde status kreeg, is het in 1949 in het leven geroepen Nationaal Park Plitvice-meren, op het Likaplateau. Een paar jaar later werd ten noorden van Rijeka het Nationaal Park Risnjak opgericht, gevolgd door het Nationaal Park Krka, ten noorden van Šibenik. Het Nationaal Park Paklenica, in het hart van het Velebit-gebergte, stamt uit 1959. Het werd in 1978 door UNESCO uitgeroepen tot biosfeerreservaat en kwam later op de Werelderfgoedlijst. Er komen meer dan 2400 plantensoorten voor. Er zijn drie nationale parken langs de Adriatische kust: het Nationaal Park Mljet, uit 1949, het Nationaal Park Kornati (1980) en het Nationaal Park Brijuni (1983). Er zijn ook natuurreservaten, biotopen (gebieden met specifieke natuurlijke omstandigheden) en twee moerassen: Kopaèki Rit en Lonjsko Polje. Kroatiës beschermde natuurgebieden behoren tot de grootste toeristische attracties van het land.